この記念館は、中国の革命家、政治家、思想家孫文（字は中山、号は逸仙、英文名はSunYat-sen,1866～1925）を顕彰する日本で唯一の孫文記念館として、1984（昭和59）年11月に開設されました。
この建物はもともと神戸で活躍していた華商、呉錦堂（1855～1926）の「松海別荘」を前身としており、1915（大正4）年春に、その別荘の東側に八角三層の中国式楼閣の「移情閣」が建てられました。外観が六角に見えるところから、地元では長らく「舞子の六角堂」として親しまれてきました。
孫文と「松海別荘」の関わりは、孫文が1913（大正2）年3月14日、来神の際、神戸の中国人や、財界有志が開いた歓迎の昼食会の会場になったときに始まります。
その後、1982（昭和57）年9月、兵庫県が「移情閣」を管理していた神戸華僑総会から寄贈をうけ、改修を行いました。
1984（昭和59）年11月12日、孫文生誕の日に「孫中山記念館」として一般に公開されました。
1993（平成5）年12月には「兵庫県指定重要文化財」に指定されました。
1994（平成6）年3月、明石海峡大橋の建設にともない、いったん解体され、元の位置から西南方向200メートルのこの地に移転・復元工事が進められ、2000（平成12）年4月に完成しました。
2001年（平成13年）11月、文部科学省より国の重要文化財に指定されました。
この記念館には、孫文と神戸の関わりを中心に、呉錦堂の生涯や移情閣の変遷などについての詳細な展示が行われています。

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